リポジトリ名がソースコード等に絶対に含まれていない場合だけ使えました。
ちなみに、バイナリ（画像）が含まれている場合でも問題ありませんでした。
（今試してみて何となく動いたレベル。全部チェックしてません。）

$ cd $CVSROOT
$ cp -r 【古いリポジトリ】 【新しいリポジトリ】
$ cd 【新しいリポジトリ】
$ find . -type f -name '*,v' -print0 | xargs -0 perl -i -pe 's/【古いリポジトリ名】/【新しいリポジトリ名】/g'

後は古いリポジトリをバックアップして消すなり、なんなりすればよろしいかと。

文字列置換はこちらを参考にさせて頂きました。
http://d.hatena.ne.jp/rx7/20090207/p2